芬陀院は雪舟作の名庭を伝えることから「雪舟寺」の名で親しまれている。

南庭は「鶴亀の庭」と呼ばれる。水墨画家である雪舟（1420～1506年）の作庭、京都で最古の枯山水庭園の一つとされる。様式は禅院式枯山水。

二度の火災と長い歳月のなかで荒廃していたが、1939年作庭重森三玲の手により、一石の補足もなく復元された。重森氏はその際に、同じく鶴亀の島を題材とした東庭を新に手掛けている。

南庭が亀島を中心とするのに対し、東庭は鶴島を中心に構成されていることを特色とする。